La méthanisation permet d’éviter plus d’émissions de gaz à effet de serre qu’elle n’en produit, ainsi elle permet à un territoire de réduire son empreinte carbone.

Lors de leur stockage les fumiers et les lisiers se dégradent et émettent des gaz à effet de serre, notamment du méthane qui a un potentiel réchauffant 4 fois supérieur à celui du dioxyde de carbone. Grâce à la méthanisation ce méthane est capté et utilisé pour produire de l’énergie. 

Cette énergie renouvelable vient alors se substituer à une énergie fossile. Le biométhane directement injecté remplace une partie du gaz naturel dont l’empreinte carbone est 10 fois plus élevée. En effet, même si la combustion finale du biométhane génère du CO2, celui-ci résulte du cycle du carbone c’est à dire qu’il correspond au CO2 absorbé par les plantes via la photosynthèse pendant leur croissance, alors que la combustion des énergies fossiles s’inscrit dans une logique de stockage-déstockage de carbone « sous-terrain ».

L’utilisation de digestat peut également remplacer pour tout ou partie des engrais de synthèse dont la production génère une quantité importante de gaz à effet de serre.